營業人申請營利事業登記，其組織型態計有獨資、合夥、公司與其他組織；稅捐之負擔隨組織型態之不同而有所不同，茲分別就法律 責任與租稅負擔作一比較列述如下，投資人可審慎考量其經營策略及目標，做出最佳的選擇：
（一）法律責任：
1. 獨資及合夥：此類營利事業不具備獨立的法人資格，因此獨資事業的資本主或合夥事業的合夥人必須對其事業所產生的債務負無限責任。
2. 公司：公司（無限與兩合公司除外）與出資人（股東）為不同的法律個體，各股東對於公司的責任，僅以其出資額為限，也就是說僅負有限責任而已。
（二）租稅負擔：
表 1. 如何慎選營利事業組織型態
| 組織別 |
獨資及合夥 |
公司 |
| 項目 |
| 1.所得稅 |
除小規模之獨資、合夥組織營利事業無須辦理結算申報外，應依所得稅法第71條第1項規定辦理營利事業所得稅結算申報。
(1)非屬小規模之獨資、合夥組織營利事業：
A.營利事業所得稅結算申報：自107年度起，應於每年5月1日起至5月31日止(遇休假日順延)辦理結算申報，惟無須計算及繳納其應納之結算稅額；但104年度至106年度，仍應依所得稅法第71條規定填具結算申報書，以其全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納後，再向申報時登記地稽徵機關辦理年度營利事業所得稅結算申報。
B.資本主或合夥人計算其營利所得：自107年度起，獨資資本主或合夥組織之合夥人，應按核定之營利事業所得額併入綜合所得總額課徵綜合所得稅；但104年度至106年度，獨資資本主或合夥組織之合夥人，應將其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，列為其營利所得，併入綜合所得總額課徵綜合所得稅，且營利事業階段所繳納稅額不得扣抵綜合所得稅(或退稅)。 |
(1) 87年1月1日起至103年12月31日止，公司於繳納營利事業所得稅後，將當年度盈餘分配予股東，其屬中華民國境內居住之個人股東，並可將其獲配之可扣抵稅額扣抵其綜合所得稅。
(2) 104年1月1日起至106年12月31日止，中華民國境內居住之個人股東（或社員）可扣抵稅額計算式變更如後【股利（或盈餘）淨額×稅額扣抵比率×50％】。
(3) 自107年1月1日起，公司無須設置股東可扣抵稅額帳戶，繳納之稅款不併同分配予股東，個人股東獲配股利採股利課稅新制。
(4) 87年度至106年度，如公司當年度盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅。
(5) 自107年度起，如公司當年度盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵5%營利事業所得稅。 |
| 2.支付員工薪資 |
財政部對獨資、合夥組織之營利事業之員工訂有給付薪資最高標準，支付員工薪資超過該標準的部分不得認列為費用。 |
核實認定。 |
| 3.借款利息 |
向獨資資本主及合夥組織合夥人所借貸之款項均應以資本主往來論，不得列支利息；另向非金融業借款所支付的利息在不超過財政部規定的利率標準（96年度至107年度為月息1分3厘）內可以核實認定。 |
公司向股東借款所支付的利息在不超過財政部規定的利率標準（96年度至107年度為月息1分3厘）內可以核實認定。 |
| 4.投資收益免稅 |
無右列規定之適用。 |
公司組織之營利事業投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅；87年1月1日至106年12月31日間，其可扣抵稅額，應依所得稅法第66條之3規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，但自107年1月1日起，配合廢除設算扣抵，已無計算股東可扣抵稅額之必要。 |
| 5.盈虧互抵 |
若納稅義務人及其配偶經營2個以上之獨資、合夥組織之營利事業，均係使用藍色申報書或委託會計師查核簽證，其中如有虧損，得依所得稅法第16條規定，將核定之虧損就核定之營利所得中減除，以其餘額為計算個人綜合所得總額項目。 |
公司組織之營利事業符合所得稅法第39條但書規定者，得將其經稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除，其要件如下：
1.會計帳冊簿據完備。
2.虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證。
3.如期申報。 |
| 6.租稅獎勵 |
增僱員工（或加薪）薪資費用加成減除租稅優惠：
中小企業發展條例第36條之2（小規模營利事業不適用）。 |
（1）研究發展支出適用投資抵減：
產業創新條例第10條、中小企業發展條例第35條、生技新藥產業發展條例第5條及各相關子法規（詳細內容請參閱「九、現行可適用之租稅優惠應如何申請」）。
（2）增僱員工（或加薪）薪資費用加成減除租稅優惠：
中小企業發展條例第36條之2。 |
| 7.營利事業所得稅稅率 |
|
自107年度起，營利事業所得稅起徵額及稅率如下：
一、營利事業全年課稅所得額在十二萬元以下者，免徵營利事業所得稅。
二、營利事業全年課稅所得額超過十二萬元者，就其全部課稅所得額課徵百分之二十（99年度至106年度稅率為百分之十七）。但其應納稅額不得超過營利事業課稅所得額超過十二萬元部分之半數。
為減緩課稅所得額在一定金額以下之營利事業一次性提高稅率之負擔，107年度及108年度營利事業全年課稅所得額超過十二萬元未逾五十萬元者，就其全部課稅所得額按下列規定稅率課徵，但其應納稅額不得超過營利事業課稅所得額超過十二萬元部分之半數：
(一)107年度稅率為百分之十八。
(二)108年度稅率為百分之十九。 |
二、 那些費用或損失必須向稅捐稽徵機關報備
依現行稅法規定須經事前或事後向稅捐稽徵機關報備，才能列報費用或損失者，主要有商品盤損、災害損失、固定資產報廢、商品報廢等。營利事業如因一時疏忽，未辦理報備手續，所列報之費用或損失可能無法獲得認定。茲舉一實例敘述如下：
例：
有一家稍具規模之飲料公司，全年營業額數億元，因其下游商號經銷其飲料，偶有飲料逾保存期限未出售，以變質為由退回，該公司依法沖帳並列報商品報廢損失，全年累積金額高達400餘萬元，由於該筆變質之飲料僅於帳上據實記載，卻未依營利事業所得稅查核準則（以下簡稱查核準則）第101條之1第1款規定於事實發生後30日內檢具清單報請該管稽徵機關勘查監毀，國稅局於查核其當年度營利事業所得稅結算申報案件時，以該公司列報之商品報廢未能提出會計師查核簽證報告或年度所得稅查核簽證報告，且未於事實發生後30日內向國稅局報備，悉數剔除補徵營利事業所得稅70餘萬元。本案公司不僅變質之飲料不能銷售致減少收入外，又無法認列損失，可謂雪上加霜。
有鑑於此，特將各相關稅法規定費用或損失報備事宜詳列如附表2，供營利事業參酌，藉達節稅目的。
表 2. 各項費用或損失報備事項之稅法規定
| 項目 |
法令依據 |
法令規定 |
申報期限 |
1.商品盤損 |
查核準則第101條 |
存貨採永續盤存制或經核准採零售價法者，存貨盤點短少須於事實發生後30日內，檢具清單報請該管稽徵機關調查認定；惟若經會計師盤點並提出查核簽證報告或年度所得稅查核簽證報告，則免予報備。 |
事後報備，並應於事實發生後30日內報備。 |
2.災害損失 |
1.所得稅法施行細則第10條之1
2.查核準則第102條
|
1.凡遭受地震、風災、水災、火災、旱災、蟲災及戰禍等不可抗力之災害損失，除船 舶海難、空難事件，事實發生在海外，勘查困難，應憑主管官署或海事報告書及保險公司出具之證明處理外，應於事實發生後之次日起30日內，檢具清單及證明文件報請該管稽徵機關派員勘查。 |
事後報備，並應於事實發生後之次日起30日內報備。
|
| 2.如未依上述規定報經稽徵機關派員勘查，但能提出確實證據證明其損失屬實者，仍應核實認定。 |
3.固定資產報廢 |
1.所得稅法第5條
2.查核準則第95條第10款 |
固定資產因特定事故未達固定資產耐用年數表規定耐用年數而毀滅或廢棄者，除可依會計師查核簽證報告或年度所得稅查核簽證報告，並檢附相關資料，或提出經事業主管機關監毀並出具載有監毀固定資產品名、數量及金額之證明文件等核實認定外，應於事前報請稽徵機關核備，以其未折減餘額列為該年度之損失。但有廢料售價之收入者，應將該售價作為收益。 |
事前報備。 |
4.商品報廢 |
查核準則第101條之1 |
1.商品或原料、物料、在製品等因過期、變質、破損或因呆滯而無法出售、加工製造等因素而報廢者，除可依會計師查核簽證報告或年度所得稅查核簽證報告，並檢附相關資料核實認定其報廢損失者外，應於事實發生後30日內檢具清單報請該管稽徵機關派員勘查監毀，或經事業主管機關監毀並取具證明文件，核實認定。 |
應於事實發生後30日內報備。 |
| 2.生鮮農、魚類商品或原料、物料、在製品因產品特性或相關衛生法令規定，於過期或變質後無法久存者，可依會計師查核簽證報告或年度所得稅查核簽證報告，並檢附相關資料核實認定其報廢損失。 |
| 3.依上述規定報廢之商品或原料、物料、在製品等，如有廢品出售收入，應列為其他收入或商品報廢損失之減項。 |
三、如何選用適當存貨計價方法
存貨的計價方法在營利事業所得稅查核準則的規範下，計有個別辨認法、先進先出法、加權平均法、移動平均法，或其他經主管機關核定之方法等，不同存貨計價方法影響企業之損益相當大，茲舉一簡單實例並按3種較常使用之存貨計價方法所產生之不同結果列表供參：
例：ｘｘ公司進銷資料明細，期末存貨數量為1,800(進貨數量合計數6,700-銷貨數量合計數4,900)：
表 3 ｘｘ公司進銷資料明細
| 進貨日期 |
進貨數量 |
單 價 |
金 額 |
銷貨日期 |
銷貨數量 |
01/01 期初存貨
03/01
06/03
08/04
11/02 |
1,000
1,500
1,000
1,200
2,000 |
80
85
90
95
100 |
80,000
127,500
90,000
114,000
200,000 |
02/05
04/15
07/07
08/10
12/12 |
600
700
900
1,500
1,200 |
| 合計 |
6,700 |
|
611,500 |
|
4,900 |
- 先進先出法：期末存貨成本為100元×1,800=180,000元，銷貨成本為431,500元。
- 加權平均法：611,500元÷6,700=91.27元…………加權平均單價
期末存貨成本為91.27元×1,800=164,286元，銷貨成本為447,214元。
- 移動平均法：
| |
進貨 |
銷貨 |
存貨 |
| 日期 |
數量 |
單價 |
總成本 |
數量 |
單價 |
總成本 |
數量 |
單價 |
總成本 |
| 01/01 |
1,000 |
80 |
80,000 |
|
|
|
1,000 |
80 |
80,000 |
| 02/05 |
|
|
|
600 |
80 |
48,000 |
400 |
80 |
32,000 |
| 03/01 |
1,500 |
85 |
127,500 |
|
|
|
1,900 |
83.95 |
159,500 |
| 04/15 |
|
|
|
700 |
83.95 |
58,765 |
1,200 |
83.95 |
100,735 |
| 06/03 |
1,000 |
90 |
90,000 |
|
|
|
2,200 |
86.70 |
190,735 |
| 07/07 |
|
|
|
900 |
86.70 |
78,030 |
1,300 |
86.70 |
112,705 |
| 08/04 |
1,200 |
95 |
114,000 |
|
|
|
2,500 |
90.68 |
226,705 |
| 08/10 |
|
|
|
1,500 |
90.68 |
136,020 |
1,000 |
90.68 |
90,685 |
| 11/02 |
2,000 |
100 |
200,000 |
|
|
|
3,000 |
96.90 |
290,685 |
| 12/12 |
|
|
|
1,200 |
96.90 |
116,280 |
1,800 |
96.89 |
174,405 |
| 合計 |
|
|
|
|
|
|
|
|
174,405 |
期末存貨成本為174,405元，銷貨成本為437,095元。
上例之進、銷貨資料分別依上述3種常用之存貨計價方法所產生之結果如下表：
| 存貨估價方法 |
所計得之期末存貨金額 |
物價上漲時 |
物價下跌時 |
| 先進先出法 |
180,000 |
最大 |
最 小 |
| 加權平均法 |
164,286 |
最小 |
最 大 |
| 移動平均法 |
174,405 |
次大 |
次 大 |
本案例因進價呈逐漸上漲趨勢，採先進先出法計算存貨成本較為不利。反之， 在物價平穩或逐漸下降之趨勢，則採先進先出法較有利，因先進貨先銷貨，且其成本較高，減少銷貨毛利，可獲存貨節稅效果。但營利事業應注意的是，依一般公認會計原則，營利事業應慎重選用會計原則且各期一致採用，以增進報表之比較性，除因環境改變或能證明新採用之會計原則較原採用之會計原則為佳外，不宜輕易變更。基於簡政便民考量，現行已刪除存貨估價之方法之採用及變更應事前申報稽徵機關核准之規定，惟為避免營利事業藉變更存貨估價方法操縱損益，規避稅負，稽徵機關將對此類案件加強查核。
四、前3年度實際發生呆帳比率超過1%，以實際發生率估列備抵呆帳
ｘｘ股份有限公司申報營利事業所得稅，列報呆帳損失，由於實際發生呆帳之比率遠超過應收帳款及應收票據餘額之1%，該公司依據營利事業所得稅查核準則第94條第3款規定，以其前3個年度依法得列報實際發生呆帳之比率平均數限度內估列呆帳損失，透過該項損失之估列，該公司可大幅降低當年度應納稅額。惟營利事業應特別注意，當實際發生呆帳損失時，應依據營利事業所得稅查核準則第94條第6款至第8款規定取具合法憑證，以免喪失主張該項損失之權利。
五、如何選用折舊方法以節省稅負
營利事業依稅法規定列報折舊費用時，可依本事業之營業情況選用或變更適當之折舊方法，以達節稅效果。
在財務會計理論及商業會計法規定之折舊方法甚多，但依所得稅法第51條規定，以採用平均法、定率遞減法、年數合計法、生產數量法、工作時間法或其他經主管機關核定之折舊方法為準，由營利事業自行選擇。另營利事業如因營業環境之改變認應改採新的折舊方法較為合理客觀時，亦可變更折舊方法。又財務會計所採用之折舊方法不必與所得稅法第51條規定之折舊方法一致，但申報所得稅時可選用適當之折舊方法，除可享受節稅之利益外，又可兼顧財務報表之公允表達。
原則上，同一固定資產早期採用定率遞減法所提列之折舊額較平均法為高，可使早期之純益降低而具有遲延納稅之利益，但仍應考慮本身之營業狀況，始能做正確之決定。究應如何選用始合宜，茲歸納如下：
(一)營利事業如有下列情況，宜採用平均法提列折舊：
（1）享受5年免稅獎勵期間：因如採定率遞減法將使免稅期間多提折舊，減少 之所得將遞延於非免稅期間而增加非免稅期間之租稅負擔。
（2）處於虧損期間或有鉅額前10年虧損可扣抵時：採用定率遞減法只會加大營利事業之虧損，如採平均法可減少折舊提列，及時享受盈虧互抵利益。
（3）新創立或預期轉虧為盈時：早期營業規模較小或由虧損狀況初轉為盈餘時，獲利均較低，如採定率遞減法並無減輕稅負之實質利益。
（4）享受購置設備、研究發展、人才培訓支出之投資扣抵稅額時：因已實質享受減稅利益，若採用定率遞減法反而對營利事業不利。
(二)反之，營利事業如非屬上述情況及在物價水準、稅率不變情況下，採用定率遞減法較平均法有利，誠如前述，此法能使固定資產早期較平均法多提折舊，將早期應納之稅負遞延至後期繳納，而獲延期納稅之利益。
六、折舊性資產已達耐用年限如何處理
營利事業購置之折舊性資產如果已達耐用年限時，請不要保留於帳上任其閒置，現在告訴您有兩種處理方法可以達到節稅之效果，特舉例詳述如下，以供選擇。
情況一：處分後將未折減餘額列為當年度損失
假設ｘｘ公司於95年1月購置機器設備金額10,000,000元，依固定資產耐用年數表規定該機器設備之耐用年限為9年，依法截至103年12月耐用年限屆滿，如無法繼續使用，將設備處分後，該公司可將其殘值1,000,000元列報為處分年度損失，但有廢料售價之收入者，應將售價作為收益，以免漏報受罰。
情況二：續提折舊
上項機器倘於耐用年限屆滿仍繼續使用者，其殘值得自行預估可使用年數並重新估計殘值後，按原提列方式計提折舊。
以平均法為例，其續提折舊公式為：
（原留殘值－重行估列殘值）÷估計尚可使用年數=折舊
延用上例，其預估可再使用4年，重行估列殘值200,000元，則該機器設備每年可再提列折舊200,000元。
（1,000,000元－200,000元）÷4=200,000元..........每年再計提折舊費用
本則分析：因營利事業之獲利情況不一，在獲利豐厚年度以選擇情況一可達立竿見影之效果，在獲利平穩年度則採情況二，以達按年定額節稅效果，營利事業應自行斟酌採用。
七、如何辦理資產重估價
營利事業之固定資產、遞耗資產及無形資產於當年度物價指數較該資產取得年度或前次依法令規定辦理資產重估價年度物價指數上漲達25%以上時，得向該管稽徵機關申請辦理資產重估價，經核准辦理資產重估價之營利事業，如其部分資產之重估年度物價指數未超過該資產取得年度物價指數達25%以上，該項資產仍可辦理重估。依財政部107年1月24日台財稅字第10700505700號令發布「歷年來中華民國臺灣地區躉售物價指數及資產重估用物價倍數表」所示，106年度物價指數已較68年度以前年度（包括68年度）上漲達25%以上，營利事業在上開年度間取得之資產，依法均可辦理重估，至營利事業於69年度至105年度期間取得或前次於該等年度期間辦理資產重估價之資產，因本次物價指數上漲程度尚未達25%，依法不得申請辦理資產重估價。
辦理資產重估的好處在於重估增值差價免計入所得課徵營利事業所得稅，並可依規定增加折舊、耗竭或攤折額等損費，惟該資產於重估後發生轉讓、滅失或報廢情事者，應於轉讓、滅失或報廢年度，轉讓為營業外收入或損失；茲舉一增加折舊費用之簡例及說明其重估帳務處理：
ｘｘ公司67年1月購入建築物100,000,000元，耐用年數49年，殘值2,000,000元，採平均法提列折舊，該公司以106年12月31日為重估基準日辦理資產重估價。其帳務處理如下：
（一）67年1月取得時：
借：建築物100,000,000
貸：現金（銀行存款）100,000,000
（二）67年~106年每年應提折舊2,000,000元，共提列折舊80,000,000元
[(100,000,000元-2,000,000元)÷49×40]=80,000,000元
借：折舊2,000,000
貸：累計折舊2,000,000
（三）106年12月31日為重估基準日，資產重估價值及重估後每年可提列折舊之計算：
1.106年12月31日帳面未折減餘額為20,000,000元，即：100,000,000元－80,000,000元=20,000,000元
2.物價倍數為1.5159（查物價倍數表）
3.重估價值為30,318,000元
20,000,000 元×1.5159=30,318,000 元
4.重估差價為10,318,000元=30,318,000元－20,000,000元
借：建築物─重估增值10,318,000
貸：未實現資產重估增值10,318,000
（四）107年度折舊計算：
(30,318,000元-2,000,000元)÷（未使用年數9）=3,146,444元（每年應提折舊額或殘值）
借：折舊3,146,444
貸：累計折舊3,146,444
上例得知，未重估前每年可提列之折舊費用2,000,000元，重估後每年可提列折舊3,146,444元，增加1,146,444元之損費可達到延期納稅之效果。另土地如有調整帳面價值之必要者，應依照土地法，平均地權條例及其他有關法令辦理，不適用資產重估價之規定。
八、給付外國營利事業之權利金可依所得稅法第4條第1項第21款及所得稅協定規定申請免稅
國內營利事業取自所得稅協定他方締約國之所得可適用免稅或較低稅率，我國目前與32個國家簽署全面性所得稅協定。總機構在中華民國境內之營利事業，如有來自所得稅協定他方締約國之所得，可依該協定規定，於他方締約國享有免予課稅或僅依上限稅率課稅之優惠。該等依所得稅協定規定屬於他方締約國免予課稅之所得，或訂有上限稅率之所得，營利事業如因未適用所得稅協定而於他方締約國溢繳之國外稅額，依適用所得稅協定查核準則第26條第2項規定，不得依所得稅法第3條第2項規定扣抵我國所得稅，故營利事業如有取自所得稅協定他方締約國之所得，應向所得來源國申請適用所得稅協定，以避免重複課稅。
附表 租稅協定股利、利息及權利金上限稅率一覽表
| 簽約國 |
股利所得上限稅率 |
利息所得上限稅率 |
權利金所得上限稅率 |
| 新加坡 |
對該所得課徵之總稅負合併不超過 40% |
無規定 |
15% |
| 印尼 |
10% |
10% |
10% |
| 南非 |
5%或15% |
10% |
10% |
| 澳大利亞 |
10%或15% |
10% |
12.5% |
| 紐西蘭 |
15% |
10% |
10% |
| 越南 |
15% |
10% |
15% |
| 甘比亞 |
10% |
10% |
10% |
| 史瓦濟蘭 |
10% |
10% |
10% |
| 馬來西亞 |
12.5% |
10% |
10% |
| 馬其頓 |
10% |
10% |
10% |
| 荷蘭 |
10% |
10% |
10% |
| 英國 |
10% |
10% |
10% |
| 塞內加爾 |
10% |
15% |
12.5% |
| 瑞典 |
10% |
10% |
10% |
| 比利時 |
10% |
10% |
10% |
| 丹麥 |
10% |
10% |
10% |
| 以色列 |
10% |
7%或10% |
10% |
| 巴拉圭 |
5% |
10% |
10% |
| 匈牙利 |
10% |
10% |
10% |
| 法國 |
10% |
10% |
10% |
| 印度 |
12.5% |
10% |
10% |
| 斯洛伐克 |
10% |
10% |
5%或10% |
| 瑞士 |
10%或15% |
10% |
10% |
| 泰國 |
5%或10% |
10%或15% |
10% |
| 德國 |
10% |
10%或15% |
10% |
| 吉里巴斯 |
10% |
10% |
10% |
| 盧森堡 |
10%或15% |
10%或15% |
10% |
| 奧地利 |
10% |
10% |
10% |
| 義大利 |
10% |
10% |
10% |
| 日本 |
10% |
10% |
10% |
| 加拿大 |
10%或15% |
10% |
10% |
| 波蘭 |
10% |
10% |
3%或10% |
九、現行可適用之租稅優惠應如何申請
除促進產業升級條例之租稅優惠於98年12月31日施行期滿外，目前公司尚可適用之租稅優惠有資源回收再利用法(第23條第2項)、發展觀光條例(第50條)、生技新藥產業發展條例(第5條及第6條)、促進民間參與公共建設法(第36條、第37條及第40條)、獎勵民間參與交通建設條例(第28條、第29條及第33條)、產業創新條例(第10條、第12條之1)、文化創意產業發展法(第27條)、都市更新條例(第49條)、新市鎮開發條例(第14條及第24條)、電影法第7條、104年6月10日修正公布前電影法第39條之1、中小企業發展條例(第35條、第35條之1及第36條之2)、自由貿易港區設置管理條例(第29條)及國際機場園區發展條例(第35條)。以下茲就較常用之租稅優惠如何申請說明之：
（一）產業創新條例之研究發展支出投資抵減：
1.產業創新條例第10條規定，公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出金額自105年1月1日起得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，一經擇定不得變更，但仍以不超過該公司或有限合夥事業當年度應納營利事業所得稅額30%為限：
(1)於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
(2)於支出金額10%限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。
抵減方式應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時擇定，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。
2.產業創新條例第10條授權訂定之「公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法」(以下簡稱研發投抵辦法)第14條規定，公司或有限合夥事業申請適用該研發投資抵減者，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日內，檢具有關文件，向中央目的事業主管機關（以下簡稱事業主管機關）申請就其資格條件及當年度研究發展活動是否符合研發投抵辦法第2條至第4條規定，始取得適用投資抵減獎勵之基本資格。
3.公司或有限合夥事業若有
(1)專為用於研究發展所購買或使用之專用技術；
(2)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式、系統；
(3)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用；
(4)公司或有限合夥事業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研發等之支出須申請專案認定者，應與研究發展活動認定之申請案併案向中央目的事業主管機關提出申請。
4.專用技術及公司或有限合夥事業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研發之支出，逾期未提出專案認定申請者，得於費用之攤折或分攤年限內依前述規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。
5.公司或有限合夥事業從事研究發展支出申請適用投資抵減者，除於規定期限內向事業主管機關申請外，尚應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第A10-1頁及第A15-2頁，並檢附規定文件，送請公司或有限合夥事業所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限 屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
（二）中小企業發展條例之研究發展支出投資抵減：
1.中小企業發展條例第35條規定，中小企業之公司(以下簡稱中小企業)得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該中小企業當年度應納營利事業所得稅額30%為限：
(1)於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
(2)於支出金額10%限度內，抵減自當年度起3年內各年度應納營利事業所得稅額。
抵減方式應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時擇定，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。
2.中小企業發展條例第35條授權訂定之「中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法」(以下簡稱中小企業研發投抵辦法)第12條規定，中小企業申請適用該研發投資抵減者，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日內，檢具有關文件，向中央目的事業主管機關（以下簡稱事業主管機關）申請認定其當年度研究發展活動是否符合中小企業研發投抵辦法第2條、第3條及第4條規定，始取得適用投資抵減獎勵之基本資格。
3.中小企業若有
(1)專為用於研究發展所購買或使用之專用技術；
(2)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式、系統；
(3)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用；
(4)中小企業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研發等之支出須申請專案認定者，應與研究發展活動認定之申請案併案向中央目的事業主管機關提出申請。
4.專用技術及中小企業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研發之支出，逾期未提出專案認定申請者，得於費用之攤折或分攤年限內依前述規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。
5.中小企業從事研究發展支出申請適用投資抵減者，除於規定期限內向事業主管機關申請外，尚應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第A10頁及第A15-3頁，並檢附規定文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限 屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
（三）生技新藥產業發展條例之研究發展支出及人才培訓支出投資抵減：
1.公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額35%限度內，自有應納營利事業所得稅之年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額；生技新藥公司當年度研究與發展支出超過前2年度研發經費平均數，超過部分得按 50%抵減。其每一年度得抵減總額，以不超過該生技新藥公司當年度應納營利事業所得稅額50%為限。但最後年度抵減金額，不在此限。
2.公司符合生技新藥公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法第2條第1項規定之要件者，得檢具文件、資料，向經濟部申請審定為生技新藥公司：經審定為生技新藥公司者，經濟部核發生技新藥公司之審定函自核發之次日起5年內有效，屆期失其效力。
3.取得審定函之生技新藥公司，如經查核發現其申請時或於該審定函有效期間內有不符合第2條第1項各款情形之一者，經濟部得邀請第2條第2項機關代表及學者專家再行確認後，撤銷或廢止該審定函。
4.公司應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附經濟部核發之生技新藥公司審定函，填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第A10頁及第A15-1頁，並檢附規定文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
（四）股東投資抵減：
公司創立或擴充若符合生技新藥產業發展條例(第6條)、促進民間參與公共建設法(第40條)、獎勵民間參與交通建設條例(第33條)、電影法第7條及104年6月10日修正公布前電影法第39條之1 之規定，申請以股東投資抵減，抵減股東當年度營利事業所得稅者，應取得公司所在地稅捐稽徵機關核發之股東投資抵減證明書，並於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附股東投資抵減證明書正本一併申請之。
（五）機器、設備及技術投資抵減：
公司若符合促進民間參與公共建設法(第37條)、獎勵民間參與交通建設條例(第29條)、新市鎮開發條例(第14條)之規定，申請以機器、設備及技術投資抵減，抵減當年度營利事業所得稅者，應事先取得事業主管機關核發機器、設備及技術投資抵減證明書，並於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附自動化機器、設備及技術投資抵減證明書正本及購買之相關憑證一併申請之。
（六）中小企業發展條例增僱員工薪資費用加成減除：
1.中小企業發展條例第36條之2規定，經濟景氣指數達一定情形下，新投資創立或增資擴展之中小企業達一定投資額，增僱一定人數之員工且提高該企業整體薪資給付總額時，得就其每年增僱本國籍員工所支付薪資金額之130%限度內，自其增僱當年度營利事業所得額中減除；前項員工年齡在24歲以下者，得就每年增僱本國籍員工支付薪資金額之150%限度內，自其增僱當年度營利事業所得額中減除。
2.經濟部會銜財政部修正發布「中小企業增僱員工薪資費用加成減除辦法」，中小企業符合相關要件，依該辦法第6條規定，欲申請適用增僱員工費用加成減除之租稅優惠者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢具切結書及相關證明文件，送請公司或商業登記所在地之稅捐稽徵機關核定加成減除營利事業所得稅之數額，並填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第A10頁及第A18頁。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
(七)中小企業發展條例員工加薪薪資費用加成減除：
1.依中小企業發展條例第36條之2第3項規定，中小企業於經濟景氣指數達一定情形下，調高基層員工之平均薪資給付水準時，得就每年非因法定基本工資調整而增加支付本國籍現職基層員工薪資金額之130%限度內，自其增加薪資當年度營利事業所得額中減除。但因增僱員工所致增加之薪資給付金額已適用「中小企業增僱員工薪資費用加成減除辦法」規定者，不得重複計入。
2.依經濟部會銜財政部訂定發布「中小企業員工加薪薪資費用加成減除辦法」，中小企業符合相關要件，依該辦法第6條規定，欲申請適用員工加薪費用加成減除之租稅優惠者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢具切結書及相關證明文件，送請公司或商業登記所在地之稅捐稽徵機關核定加成減除營利事業所得稅之數額，並填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第A10頁及第A18-1頁。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
十、投資抵減可用以抵減暫繳稅額
公司若有符合有關法律規定之抵減稅額，可抵減暫繳稅額：
（一）公司若有經稅捐稽徵機關核定之以前年度（非當年度）尚未抵減之各項投資抵減稅額【符合廢止前促進產業升級條例第7條、第9條、第9條之2、第10條、第15條及第70條之1；獎勵民間參與交通建設條例第29條；新市鎮開發條例第14條、第24條；都市更新條例第49條；科學園區設置管理條例第21條；促進民間參與公共建設法第37條；發展觀光條例第50條；企業併購法第42條(104年7月8日修正公布前第37條)；資源回收再利用法第23條；生技新藥產業發展條例第5條；產業創新條例第10條及中小企業發展條例第35條選擇抵減自當年度起3年內各年度應納營利事業所得稅額規定者】，可檢附證明文件及投資抵減明細表，於當年度暫繳申報時，申報全額抵繳當年度應納暫繳稅額。
（二）公司若有尚未抵減之股東投資抵減稅額【暫繳申報前，取得稽徵機關依廢止前促進產業升級條例第8條、獎勵民間參與交通建設條例第33條、促進民間參與公共建設法第40條、電影法第7條及104年6月10日修正公布前電影法第39條之1或生技新藥產業發展條例第6條及相關法規所核發之「營利事業股東投資抵減稅額證明書」者】，可檢附證明文件及投資抵減明細表，於當年度暫繳申報時，申報全額抵繳當年度應納暫繳稅額。
參考資料
財政部稅務入口網
https://www.etax.nat.gov.tw/etwmain/web/ETW118W/VIEW/405